Las bacterias atrapadas en el filtro de aire estéril pueden crecer a través de la media filtrante; y por lo tanto, alcanzar a descender al producto o al proceso.

Una manera de protegerse contra el riesgo de crecimiento de bacterias es el empleo de vapor y la autoclave. El calor de estos procesos crea irreversibles reacciones intracelulares que desactivan permanentemente microorganismos. Dado que el vapor está comúnmente disponible en instalaciones para esterilizar líneas y tanques, es conveniente usar este vapor para la esterilización de filtros y carcasas.

El vapor saturado es ideal para la esterilización del filtro, ya que su alta temperatura desnaturaliza las proteínas intracelulares de los microorganismos.